Tras el fracaso de la Unión Nacional (que es el fracaso de su intento de romper la resistencia de estructura oligárquico-caciquil del sistema de partidos de la Restauración), Costa se adhiere al republicanismo militante (en lo ideológico se había ido definiendo cada vez más desde 1868) y se lanza a la confrontación total con el sistema.

Costa fue elegido por Zaragoza, Madrid y Gerona diputado para el Congreso, pero no tomó posesión del acta de diputado. Pero la  desunión y luchas intestinas en las filas republicanas le llevaron al año siguiente a presentar su renuncia.

Los sucesivos fracasos políticos por hacer una revolución "desde arriba", desde el poder, radicalizan aún más a Costa, para quien ha llegado el "turno del pueblo" y la hora de la "revolución desde abajo", como ya se preguntaba en 1903: "Los labradores y braceros del campo, los menestrales, obreros de la industria y proletarios, que son en España más de diecisiete millones y medio, han pagado con ríos de sangre, de oro, en cien años de guerra, la civilización que disfruta el medio millón restante, sus libertades políticas, su derecho de administración, su inviolabilidad del domicilio, su seguridad personal, su libertad religiosa, su libertad de imprenta, su desamortización, sus comodidades, su prensa diaria, sus teatros, sus ferrocarriles, su Administración pública, su Parlamento; todo eso que a la masa de la nación no le ha servido de nada, porque el pueblo no sabe o no puede leer, no se reúne ni se asocia, no imprime, no viaja, no le hostiga la vida religiosa, no compra ni usurpa haciendas al Estado, no conoce oficinas ni Tribunales, sino en figura de instrumentos de la opinión caciquil incontrastable. Y sin embargo, esa minoría de ilustrados y pudientes, clase gobernante, no se ha creído obligada a corresponder a tantos sacrificios con uno solo, dejando alguna vez gobernar para sí, gobernando un día siquiera para los humildes, para la mayoría, para el país. ¿Parecerá ya hora de que llegue el turno al pueblo?".