Los años siguientes a su regreso de Francia los pasa entre Graus, Barbastro, Huesca y Madrid, buscando una estabilidad económica que nunca llega a la vez que desarrolla una gran actividad publicista en diversos periódicos. Son años de incertidumbre, desasosiego, indefinición, unidos a una dramática pobreza y una profunda crisis espiritual.

Un crisis que, en abril de 1870, toca fondo. Intenta ingresar en un convento benedictino, en Francia, orden en la que ve el ideal de vida consagrada al estudio y a la práctica de la agricultura y en la que encontrar la seguridad y la paz que no encuentra en el mundo. Y, fracasadas  todas las salidas, incluso se plantea el suicidio, en la antigua Facultad de Medicina de la Universidad Central de Madrid: "Ah! Anteayer entré en la biblioteca  de San Carlos con un fin criminal: que Dios me perdone!".

Pasado el peor momento de su crisis espiritual y vital, se opera en Costa un cambio radical de actitud, reflejado en sus Memorias: "[...] mi naturaleza se ha estremecido un momento y sufrido una pequeña reacción. Me he dicho: 'Es preciso a toda costa estudiar desde el próximo curso; pasemos pues estos meses como Dios nos dé a entender y vivamos'".